『チェインクロニクル3』- TVアニメ「とある魔術の禁書目録Ⅲ」とのコラボを開催決定！コラボ特設ティザーサイトが公開中。

東京西部に位置する巨大な「学園都市」。
総人口230万人を数え、その約8割を学生が占めるこの都市では、超能力開発のための特殊なカリキュラムが実施され、学生たちの能力は「無能力レベル0」から「超能力レベル5」までの六段階で評価されていた。

とある高校生・上条当麻も、学園都市に住む学生のひとり。
彼は自分の右手に宿る能力──異能の力なら神の加護すら打ち消す「幻想殺し（イマジンブレイカー）」のため、落第寸前の「無能力」の評価を受け、不幸まっしぐらの人生を送っていた。

そんな上条の学生生活は、夏休みのはじめに空から降ってきた純白のシスターによって、大きく変わってしまう。
「魔術」の世界から逃げてきたという彼女──「禁書目録（インデックス）」との出会いに始まって、さまざまな事件に巻き込まれていく上条。
学園都市を統べる「科学」サイド、インデックスに連なる「魔術」サイド双方の事件を綱渡りで解決していくうちに、少しずつ人の輪を広げていくことに。
そして、ついには魔術サイド、十字教最大宗派のローマ正教が、上条の存在に目を向けることになってしまう……。

魔術サイドに呼応するように、科学サイドたる学園都市も動きだす。
しかし、にわかに対立を見せ始めた世界の動きに抗うように、立ち上がる者たちがいた。
上条とかかわったことで、大きく運命を変えた「ヒーロー」たち。
彼らもまた、身を挺して世界と対峙する。
上条当麻がそうしてきたように。
科学と魔術が三度交わるとき、物語は大きく動き出す！！