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高校生探偵・工藤新一は、警察もお手上げの難事件を次々と解決するほどの頭脳の持ち主。 ある日、幼なじみの毛利蘭と遊園地に遊びに行った時、黒ずくめの男達による怪しげな取引を目撃する。しかし、その仲間に見つかり謎の毒薬を飲まされると、薬の作用でなんと小学１年生になってしまう。 困り果てた新一は、隣に住む発明家・阿笠博士の助けを得て、黒ずくめの男達の行方を追うため「江戸川コナン」と名乗り自らの正体を隠す。そして、探偵事務所を営む毛利蘭の家に潜り込むことにした。 はたして、新一の体は元に戻るのか?! 黒ずくめの男達の正体は!!数々の謎に満ちた怪事件をめぐり、小さな名探偵コナンの活躍が始まった!!

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降谷零、松田陣平、伊達航、萩原研二、諸伏景光。降谷以外の4人は殉職してしまったが、いずれも警察官としての高い能力と才能を持っていた。そんな彼らが警視庁警察学校に同期として通っていた頃、正義を胸に青春を駆けた、色あせることのない日々の物語。

“黒ずくめの組織”の手により、来葉峠で死亡したとされるFBI捜査官・赤井秀一。一方、彼の宿敵である安室透はFBIから”手がかり”を聞き出し、自宅が火事になったことで工藤新一の家に住む青年・沖矢昂と、赤井秀一の関係性を疑っていた。

警視庁捜査一課に所属している、目暮警部とともに行動することが多い刑事・高木渉と、2歳年上で捜査一課のアイドル的存在である佐藤美和子刑事。2人がどのような経歴で恋仲へと発展したのか、その重要エピソードをひとまとめにした特別編集版！

世間を騒がせる大怪盗として知られる怪盗キッド。その正体は江古田高校2年生・黒羽快斗。彼は世界的マジシャンだった父の死の真相を知るため、伝説のビッグジュエル、そして父を殺した謎の組織の正体を追う。そんな彼が次に狙うのは伝説のアクアマリンで…？

新一宛に世界的に有名な建築家・森谷教授の邸宅で開かれるパーティーの招待状が届いた。コナンは蘭と小五郎を誘い出席する。しかし、特殊火薬が大量に盗まれる事件が発生し、犯人からの爆破予告が！刻々と迫るタイムリミット！コナンに打つ手はあるのか！

目暮警部、蘭の母親の妃英理、阿笠博士…コナンの身近な人々が、立て続けに命を狙われた。犯行現場に残されていたのは謎のキーワードを示すトランプ。事件の真相を追うコナンたちは海中レストランへ向かうが、新たなる殺人劇が待ち受けていた…！

怪盗キッドからインペリアル・イースター・エッグを盗むという予告状が届いた。予告状の謎を解いたコナンたちだが、キッドにエッグを盗み出されてしまう。キッドを追うコナンは古城に辿り着くが、殺人事件が発生。城に侵入した少年探偵団にも危機が迫る！

警察官を狙った連続殺人事件が発生した。コナンは小五郎と共に事件について聞き出そうとするが、警察組織の関与を示唆される。それでも捜査に乗り出すコナンだったが蘭までも狙われ、ショックで蘭は記憶を失ってしまう。コナンは蘭を守りきれるのか！

コナンら少年探偵団は完成間近のツインタワーに立ち寄る。そこには建設に絡み暗躍した怪しい面々が集っていた。折しも殺人事件が発生。近くで黒塗りのポルシェを目撃したコナンは“黒ずくめの組織”の関与を疑う。 さらに灰原が何者かとコンタクトを取り…。

新型の体感ゲームの発表会に出席したコナンたちはさっそくゲームを楽しもうとするが、気づくと見知らぬ場所に立っていた。そこは100年前のロンドン！そして彼らの前には凶悪犯・切り裂きジャックが出現。参加した50人の命が懸かった死のゲームが始まった！

東京・大阪・京都で窃盗グループのメンバーが相次いで殺された。警視庁、大阪府警、京都府警による合同捜査が始まる。時同じくして、小五郎はある寺院から依頼を受け、コナンたちと共に京都を訪れていた…。東西の名探偵・コナンと平次が事件の解明に挑む！

女優の牧樹里に届いた怪盗キッドの予告状。小五郎は樹里が舞台で使う指輪が“運命の宝石”と呼ばれることを知り、これがキッドの目的だと推理。だが、コナンは小五郎の推理に疑問を感じていた。そしてコナンたちが見守る中、舞台の幕が上がる…。

コナンや少年探偵団たちは、豪華客船アフロディーテ号の処女航海に参加していた。政界や芸能界の著名人も招待された中、殺人事件が発生してしまう。その裏には15年前に沈没した貨物船の事故との関連が…。コナンたちは恐ろしい陰謀に巻き込まれていく。

依頼でレジャーパークに来た小五郎やコナンたち。依頼人の秘書からフリーパスを渡された蘭たちはレジャーパークへ繰り出した。だがパスには爆弾が！依頼を解決できなければ爆破されてしまう。真相解明を急ぐコナン。しかし、タイムリミットは容赦なく迫り…。

女海賊の財宝の伝説が残る小さな島・神海島へバカンスに来たコナンたち。ダイビングしていた蘭たちの目前で、財宝を狙うトレジャーハンターが鮫に襲われ死亡してしまう。だがコナンは事故ではないと推理。財宝と伝説をめぐる隠謀、コナンは真実を見抜けるか？

元ピアニスト・堂本一揮が主催する音楽アカデミーの出身者を狙った殺人事件が発生。そんな中、堂本が作った音楽ホールのこけら落としコンサートに招かれたコナンたち。しかし、次々と不審な事件が発生。そして本番当日、会場が爆発、火の海に包まれる！

東京を中心に発生した広域連続殺人事件。小五郎も捜査会議に参加することに。しかしコナンは会議を抜けた刑事が黒塗りのスポーツカーに乗り込むところを目撃する。連続殺人事件は“黒ずくめの組織”の仕業なのか？危険を承知で、コナンは単独捜査を開始する。

世界中の宝石を狙う怪盗キッドに、大富豪・鈴木次郎吉が挑戦状を叩きつけた。飛行船に積んだ宝石“天空の貴婦人”を盗んでみよというのだ。次郎吉に招待されたコナンたちも乗り込む。しかし、テロリスト集団に飛行船をハイジャックされてしまう！

朝倉東都知事に謎の脅迫状が届いた翌日、地下鉄トンネルが爆破された。しかし、コナンのおかげで惨事は防がれた。知事が大臣時代に建設したダムとの関係を疑ったコナンたちは新潟に向かう。しかし、コナンたちが調査を開始した矢先、雪原で遺体が発見される！

毛利探偵事務所にかかってきた爆破予告の脅迫電話。しかし犯人が告げた暗号をコナンが解き、爆発は未然に防がれた。だが、犯人から第2の爆破予告が！しかも標的は前回よりも多くの人の命だという…。果たしてコナンは爆発を防げるか!?

イージス艦の体験航海に参加したコナン。対空戦闘訓練中の謎の敵の襲来は切り抜けられたものの、艦内で自衛隊員の左腕が発見される。コナンは捜査に乗り出すが、艦内に某国のスパイが乗りこんでいることを知る。そしてスパイの刃は蘭に向けられる！

東京を一望するベルツリータワーで起きた狙撃事件。コナンは犯人を追うがパトカーもろとも容赦なく爆破しようとする犯人に翻弄されてしまう。FBIも捜査にかかわる中、浮かび上がる海軍特殊部隊の存在。だが、この狙撃事件は始まりにしかすぎなかった…。

鈴木財閥がニューヨークのオークション会場でゴッホの名画「ひまわり」を落札。絵画を守るため、毛利小五郎をはじめとするスペシャリスト、通称7人のサムライが招集された。そこに突如、怪盗キッドが出現。キッドは必ず絵を奪うと宣戦布告する。

ある漆黒の夜、日本警察にスパイが侵入。各国諜報機関の機密データを持ち出そうとするが、間一髪のところで公安が到着。逃走したスパイはライフル弾に撃ち抜かれ、道路の遙か下へ転落する。翌日、水族館を訪れたコナンたちは、けがをした女性を助ける。

大阪で起きた爆破事件、そして京都で起きた殺人事件、この2つの事件には百人一首界を牽引する「皐月会」が絡んでいた。そんな騒動のなか、コナンは平次の婚約者だと言い張る、大岡紅葉という謎の女性と出会う。果たしてこの紅葉の目的とは？

東京サミットが開催される予定の、東京湾にあるリゾート施設で爆破事件が発生。事件の映像には一瞬だけ、公安警察の安室透が映り込んでいた。さらにはその事件の容疑者に毛利小五郎の名前が挙がり、警察に連行されてしまい、コナンは事件の捜査に乗り出す。

世界最大のブルーサファイア"紺青の拳"をめぐる殺人事件がシンガポールで発生。現場には血塗られた怪盗キッドの予告状が残されていた。一方、日本のコナンは何者かに連れ去れ、目覚めた時にはシンガポールにいた。実は彼をさらったのは怪盗キッドで…？

東京での開催を間近に控える世界最大のスポーツの祭典“WSG-ワールド・スポーツ・ゲームス-”。その開会式にあわせ、“真空超電導リニア”の開発が発表された。しかし、大会スポンサーが集うパーティー会場で次々と企業のトップが拉致される事件が発生し…？

ハロウィンシーズンで賑わう東京・渋谷で行われている、とある結婚式。そこにはウェディングドレスに身を包んだ佐藤刑事の姿があった。しかしコナンたちが見守るなか、突如暴漢が乱入し、佐藤刑事を守ろうとした高木刑事に危機が迫る…!?

世界中の警察が持つ防犯カメラを繋ぐための施設が八丈島近海に建設された。施設の本格稼働に向け各国のエンジニアが集結するなか、顔認証システムを応用した新技術のテストも同時並行で行われていた。園子の招待で八丈島を訪れていたコナンに、沖矢昴からヨーロッパの警察組織の職員がジンに殺害されたという連絡が入る。連絡を受け施設に忍び込むコナンだったが、施設内で一人の女性エンジニアが黒ずくめの組織に連れ去られてしまう事件が発生する。